Tiến sỹ Nguyễn Khắc Văn sinh năm Đinh Dậu (1567), húy là Nguyễn Văn Năng, nguyên quán xã Hoàng Liệt, huyện Thanh Trì, phủ Thường Tín. Trú quán phường Hà Khẩu, trấn Sơn Nam Thượng, huyện Thọ Xương, thành Thăng Long, nay là phố Hàng Buồm, Hà Nội.
Ông là cha của tiến sỹ Nguyễn Khắc Thiệu. 62 tuổi đồ đệ tam giáp Đồng Tiến sĩ xuất thân khoa Mậu Thìn niên hiệu  Vĩnh Tộ 10 (1628) đời Lê Thần Tông. Làm quan đến chức Quang lộc Tự khanh. Sau khi mất được truy tặng chức Lễ bộ Hữu Thị Lang.
Lúc về hưu, ông đưa gia quyến vào hưởng lộc điền ở làng Long Môn xã Lâm Thịnh, tổng Lâm Thịnh, phủ Anh Sơn, huyện Nam Đường. Nay là xã Hồng Long, huyện Nam Đàn, tỉnh Nghệ An. Sau khi mất Ngài được truy tặng hàm Tả Thị Lang Bộ Lễ, con cháu lập đền thờ tưởng nhớ công đức của Ngài.